# Notes on the Quasi-Gaussian Entropy Theory Applied to Complex Systems

## INTRODUCTION

The Quasi-Gaussian Entropy theory (QGE) is a theoretical method based on a novel statistical mechanics reformulation of the free energy distributions. It was originally developed by Dr. Andrea Amadei (University of Rome “Tor Vergata”, Italy) in collaboration with Prof Herman Berendsen, Dr. Emil Apol (the University of Groningen, The Netherlands) and Prof Alfredo Di Nola (University of Rome “La Sapienza”, Italy).  The foundations of the QGE theory are reported in a series of papers collected in the Ph.D. thesis of both Dr. Amadei and Dr. Apol cited in the bibliography. The theory was further developed and applied to different systems spanning from simple fluids to proteins.

In these brief note, the mathematical basis of QGE for the study of the thermodynamics of proteins in solution as in the Ref. [1] is detailed.

# Retro Programming Nostalgia: Commodore Amiga and Molecular Visualization

Italy 1989, it was the age of Commodore Amiga with its BOING demo, the bouncing ball that conquest the heart of the millions of young people living the microcomputer revolution.

# Le Forze Intermolecolari

Le forze interatomiche o intermolecolari che tengono uniti i cristalli molecolari sono di origine elettrostatica e possono essere classificate in forze a corto e lungo raggio a seconda di quanto si estende nello spazio la loro azione. Essendo funzione della distanza tra gli atomi (o molecule), queste forze sono dei campi vettoriali conservativi e sono pertanto derivabili dal gradiente di un potenziale di energia scalare, ovvero ${\mathbf{F} = - grad V}$. Questi potenziali di energia  intermolecolari possono essere classificati in base al tipo di interazioni che descrivono. Continue reading

# L’Energia Reticolare

Con il termine energia reticolare si definisce l’energia necessaria per scomporre, alla temperatura T = 0 K, una mole di un cristallo ionico nei suoi costituenti fondamentali e portarli a distanza infinita. Continue reading

# Il calcolo della costante di Madelung

In un precedente articolo è stato mostrato che il termine elettrostatico dell’energia reticolare di un cristallo contiene un fattore (A) che dipende dal tipo di reticolo cristallino. Ora esamineremo più in dettaglio come calcolare questo termine e il suo valore per un semplice sistema ionico.

L’energia potenziale totale di un cristallo ionico è uguale alla somma dei contributi di interazione elettrostatica del tipo

$\displaystyle V_{AB} = \frac{1}{4\pi\epsilon_0} \frac{q_Aq_B}{r_{AB}}=k_e e^2 \frac{Z_AZ_B}{r_{AB}}\hfill (1)$

degli ioni (A,B) di carica ${q_A}=eZ_A$ e ${q_B}=eZ_B$ (con $e$ il valore dell’unita’ di carica elettronica e $Z_{A,B}$ la carica netta dello ione)  separati dalla distanza ${r_{AB}}$ . Continue reading

# PERL Programming II: Applications to Bioinformatics

This article is the second part of my previous introduction to the PERL language. Here, I am going to show the use of the Perl language in simple bioinformatics applications. I will introduce by examples other aspects of this powerful language.