Physical Chemistry: The Simple Hückel Method (Part III)

Posted on December 19, 2020 by Danilo Roccatano

In the previous article, we have learn how to set up the Hückel determinant for conjugated linear molecules based on the topology of the \pi-bonds. In this third article, we will apply the method to cyclic molecules and will derive some other useful properties.

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Physical Chemistry: The Simple Hückel Method (Part II)

Posted on November 5, 2020 by Danilo Roccatano

In the previous article, we have learn how to set up the Hückel determinant for an aromatic molecule based on the topology of the pi-bonds. In this second part, we are going to learn how to calculate from the determinantal equation both the eigenvalues and the eigenvectors, corresponding to the orbital energy and orbital functions of the molecular system.

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A Practical Introduction to the C Language for Computational Chemistry. Part 3

Posted on October 16, 2020 by Danilo Roccatano

Sphere. From Space, from Space, Sir: whence else?

Square. Pardon me, my Lord, but is not your Lordship already in Space, your Lordship and his humble servant, even at this moment?

Sphere. Pooh! what do you know of Space? Define Space.

Square. Space, my Lord, is height and breadth indefinitely prolonged.

Sphere. Exactly: you see you do not even know what Space is. You think it is of Two Dimensions only; but I have come to announce to you a Third — height, breadth, and length.

Square. Your Lordship is pleased to be merry. We also speak of length and height, or breadth and thickness, thus denoting Two Dimensions by four names.

Sphere. But I mean not only three names, but Three Dimensions.

Adapted from: 
Flatland: A romance of many dimensions by Edwin A. Abbott

ADVENTURE IN SPACELANDS

In the part 2 of this tutorial, we have learnt how to use arrays and how to read atomic coordinates from a file. In th eappendix, youc an find an example of solution of the exercises given in the previous tutorial.

In this third part, we are going to learn how to generate three-dimensional coordinated of atoms in a cubic crystal lattice and how to calculate non-bonded molecular potential and the force acting among them.

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A Practical Introduction to the C Language for Computational Chemistry. Part 2

Posted on September 27, 2020 by Danilo Roccatano

In the first part of this introduction to C language, we have learnt the basic of the C language by writing simple programs for the calculation of the non-bonded interaction between two particles at variable distances. Some solutions to the first part exercises are reported in the appendix of this article.

In this second tutorial, we will learn how to use arrays data types and how to load them with a set of data read from a file. We will also use these data to perform numerical calculations and write results in output files.

Arrays and Pointers Datatypes

The program that calculate the energy of interaction between two particle doe not take in account the actual position in space of the two particle but only their distance. If we want to study the dynamics of a system composed by multiple atoms in a tridimensional space, it is way more convenient to represent the and calculate their interactions by using the coordinates directly to evaluate the distances.

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The Dandelion (Taraxacum Officinalis) and OpenCV

Posted on September 16, 2020 by Danilo Roccatano

The dandelion’s pallid tube
Astonishes the grass,
And winter instantly becomes
An Infinite Alas —

The tube uplifts a signal Bud
And then a shouting Flower, —
The Proclamation of the Suns
That septulture is o’er.

– Emily Dickinson

The yellow flowers and the delicate and beautiful florescence of Dandelion catch the attention of both romantic and curious souls. The aerial consistency of the fine silk decorated seeds that glance to the sunlight as crystalline material became the favourite subject of inspired photographer and the toy of amused children. Beside the grace of its forms, other interesting and curious secret is hidden in its phloem fluids. In fact, if you cut one of the stems of the plant a milky sticky liquid will flow out of the wound resection. This latex is going to polymerize at 30-35 oC in few minutes in a yellow-brown quite solid mass. Around the year 1982, I have annotated this observation but I could not find in my later notes further follow-ups study on the topics. It was a casual observation but I didn’t know at that time that this latex is indeed very useful. A variety of the Taraxacum (Taraxacum koksaghyz, Russian Dandelion) was used in Russian and American to produce a replacement of the natural rubber from Brazil during the WWII that was in shortage because of the war. Now days, many researches are in progress to exploit the lattice of Taraxacum and also Taraxacum brevicorniculatumas a convenient replacement of the rubber plant lattice. A recent study has shown the presence of rubber particles in the lattice of these plant in 32% proportion composed prevalently by poly(cis-1,4-isoprene) at >95% of purity (www.biomedcentral.com/1471-2091/11/11). The brownish lattice condensate that, as I reported in my note, forms after exposing for several minutes the latex to the air, is caused by the presence of the polyphenol oxidase (PPO) enzyme that produces the fast coagulation of the latex by catalysing the oxidation of polyphenols. Genetic engineer the plant, it is possible to reduce the amount of PPO in the latex making economically competitive the use of this resource for the production of latex.

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Chimica Fisica: La Termodinamica, La Meravigliosa Cattedrale Della Scienza. Parte I.

Posted on August 7, 2020 by Danilo Roccatano

Indipendentemente dai motivi del culto, le antiche cattedrali invitano ad un’ammirata contemplazione, ispirano rispetto e quiete. Anche il visitatore piu’ disinvolto non si esimere dal moderare la voce, non insiste in argomenti futili: delle navate, l’eco delle sue stesse parole sembra destare insolite suggestioni. L’impegno di generazioni di architetti e di artigiani e’ stato dimenticato, le loro impalcature sono state rimosse ormai da lungo tempo, i loro stessi errori sono stati cancellati dai secoli. Il monumento che essi crearono, ora compiuto e perfetto, ci appare come la testimonianza di un disegno sopraordinario. Se evochiamo in noi il ricordo di un cantiere in attività, con il rumore ritmato dei martelli, le voci ed i gesti degli operai, l’odore stantio del legno e di tabacco, alle splendide structure che ora ammiriamo non possiamo attribuire altro significato che quello di essere il frutto di un ordine imposto alla mera fatica umana.

Anche la scienza ha i suoi templi, costruiti con gli sforzi di pochi architetti e di molto operai, e di fronte ad essi proviamo lo stesso sentimento. Anche in questi templi l’atmosfera e’ solenne, e forse lo e’ a tal punto da condizionare l’espressione stessa del pensiero scientifico, che una lunga tradizione vuole assai severo e formale.

G.N, Lewis, M. Randall -“Thermodinamica”, Leonardo Edizioni Scientifiche, Roma (1971).

INTRODUZIONE

Gilbert Newton Lewis e Merle Randall nella introduzione alla prima edizione del loro autorevole testo di termodinamica chimica descrivono  la termodinamica come la cattedrale della scienza. La loro non è solo una concessione poetica di un’epoca ancora permeata dal romanticismo scientifico, ma una meravigliosa analogia per questa fondamentale disciplina della scienza che più di ogni altra contiene  le leggi arcane che goverano il nostro Universo e il suo destino.

In questa serie di articoli riporto alcuni appunti su argomenti vari di termodinamica chimica che possono essere utili come riferimento o come materiale didattico.

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Programming in Awk Language. LiStaLiA: Little Statistics Library in Awk. Part I.

Posted on June 30, 2020 by Danilo Roccatano

In the following previous Awk programming articles

The AWK Programming Language

Awk Programming II: Life in a Shell

Awk Programming III: the One-Dimensional Cellular Automaton

I have given a short introduction to this very useful Unix program by also showing two example of elaborate applications. In this fourth article of the series, I am going to show a little library of functions that can be used for basic statistical analysis of data sets. I have written (and rewritten) many of these function but I have spent little time to collect them in a library that can be used by other user. So this article give me the motivation to achieve this target. I didn’t extensively test the library so I am realeasing it as alpha version. If you spot errors or you have improved it then please just send me your modified code!

READING DATA SETS

We start with a function that can be used to read data from a text file (ascii format). A good data reader should be able to read common data format such as comma separated (cvs) or space separated data files. It should also be able to spik blank lines or lines starting with special characters. It would be also handy to select the columns that need to be read and also check and skip lines with inconsistent data sets (missing data or NaNs). This is what exacty work the function ReadData() given in the Appendix. But shall we see it more in details.

ReadData(filename,fsep,skipchr,warn,range,ndata,data)

The function read the data from a file with name provided in the variable filename. The program skips all empty record, those starting with one of the characters contained in the regular expression skipchar. For example, a regular expressions such as skipchr=”@|#|;” skips the occurrence of the characters “at” or “hash” or semicolomn. The variable warn is used to check the behavior of the program if alphabetic characters or NaN or INF values are present in the data. If the variable is set to 0, the function gives a warning without stop the program, if set to 1 then the function terminate the program after the first warning.

The field separator is specified in fsep and it is used to set the awk internal variable FS and define the separator between data. The variable can be assigned with single character such as fsep=” “ or fsep=”,” or ESC codes such as fsep=FS=”\t” for tab-delimited.

The column in the data record can be read in two ways by set the element zero of the array range[]. For range[0]=0, a adjoint range of data is specified by setting the first element is at range[1] the last one in range[2]. For range[0]=1, the first element in range[1] is the number of data to read followed by the specific field in the record where the data is located.

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Molekulare Maschinen: Die Coronavirus SARS-CoV-2 Bedrohung, Teil I.

Posted on May 5, 2020 by Danilo Roccatano

Was Freunde mit und für uns tun, ist auch ein Erlebtes; denn es stärkt und fördert unsere Persönlichkeit. Was Feinde gegen uns unternehmen, erleben wir nicht, wir erfahren’s nur, lehnen’s ab und schützen uns dagegen wie gegen Frost, Sturm, Regen und Schloßenwetter oder sonst äußere Übel, die zu erwarten sind.

Johann Wolfgang von Goethe (1749-1832), Maximen und Reflexionen. Aphorismen und Aufzeichnungen.

Ein Virus ist Leben in der einfachsten Form. Es ist die minimalistische Reduktion eines Organismus auf seine wesentlichen Funktionselemente. Noch pragmatischer ist ein Virus ein Behälter mit genetischem Code mit einem effizienten molekularen Mechanismus, der es ihm ermöglicht, in eine Wirtszelle eines Organismus einzudringen, der sich selbstständig reproduzieren kann. Als molekulare Maschine kann ein Virus der Form und der zerstörerischen Kraft des Todessterns in der Star-Wars-Saga ähneln. Daher ist es eine Art molekulare Maschine, die wir absolut nicht in uns haben wollen!

Wie der große Goethe sagt, ist der Feind Teil unserer Erfahrung und wir müssen ihn jagen und uns tatsächlich vor anderen möglichen Feinden schützen. Dieser epische Naturkrieg veranlasste mich, diesen Blog zu starten, in dem ich mitteilen werde, was ich über diese gefährliche molekulare Maschine lerne.

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Le Macchine Molecolari: La minaccia del Coronavirus SARS-CoV-2. Parte I

Posted on April 25, 2020 by Danilo Roccatano

Difficilmente è vinto colui che sa conoscere le forze sue e quelle del nemico.

Nicollò Machiavelli in Dell’arte della guerra (1519-1520)

Un virus è la vita nella forma più semplice. È la riduzione minimalista di un organismo ai suoi elementi essenziali di funzionalità. Più pragmaticamente, un virus è un contenitore di codice genetico dotato di un efficiente meccanismo molecolare che gli consente d’invadere una cellula ospite di un organismo capace di riprodursi autonomamente. Come macchina molecolare, un virus può assomigliare nella forma e potere distruttivo, alla Morte Nera della saga di Star Wars. Pertanto, è un tipo di macchina molecolare che non vogliamo assolutamente avere dentro di noi!

La diffusione del coronavirus SARS-CoV-2 (COVID-19) ha prodotto una nuova pandemia, ovvero una infezione causata da un agente patogeno che colpisce l’intera popolazione di una specie vivente, in questo caso quella umana. Questa situazione di emergenza globale è il risultato di una competizione naturale tra specie viventi che ci rammenta di essere ancora un tassello nell’ecosistema di Gaia. Tuttavia, anche se sia sempre arduo da credere visto lo stato in cui abbiamo ridotto il nostro pianeta, siamo la forma di vita più intelligente nell’universo conosciuto. Quindi sarebbe abbastanza imbarazzante essere sconfitti da un nemico invisibile.

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Retro programming nostalgia IV: L’Equilibrio e la Titolazione Acido/Base

Posted on April 14, 2020 by Danilo Roccatano

La motivazione per questo articolo nasce dal mio interesse per il retro-computing connesso, da una parte, alla rivalutazione delle mie esplorazioni giovanili del calcolo scientifico in linguaggio BASIC e dall’altra, alla popolarità che, negli ultimi anni, stanno avendo nel settore amatoriale e della didattica i microcomputer su scheda singola  (single-board computer, quali, per esempio  il Raspberry Pi).  Questi piccoli computer hanno una potenza considerevolmente maggiore a un costo decisamente inferiore dei microcalcolatori degli anni 80. Questo ha reso possibile l’emulazione su questi calcolatori dei sistemi operativi di mitici modelli di home computer della Commodore e i modelli MSX.

Pertanto sta prendendo piede anche un rinnovato interesse nel linguaggio di programmazione BASIC. Questo interesse nel retro-computing riflette la nostalgia nelle grandi emozioni che negli anni 70-80 lo sviluppo della tecnologia informatica consumistica ha portato alla mia generazione. Ricordo che rimasi folgorato dalla creatività nell’uso e nella programmazione di questi microcomputer al punto che ha ridiretto i miei interessi scientifici e la mia carriera accademica.   

Ho raccontato in altri articoli delle mie prime avventure di programmazione con  home computer della Commodore e i sistemi MSX alla fine degli anni ’80 e inizi degli anni ’90 e delle mie riscoperte di archeologia informatica. Tra i reperti ho rinvenuto un piccolo programma che ho usato per studiare le titolazioni acido/base sviluppato in MSX BASIC. Pertanto ho colto l’occasione per scrivere delle note sull’equilibrio acido base  e la titolazione e quindi fornire una versione restaurata e migliorate del mio programma, a gli studenti appassionati di programmazione  che sono  alle prese con questo importante concetto della chimica analitica.

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