The Arginine Deiminase​: an Anticancer Protein

Arginine deiminase (ADI, EC 3.5.3.6) is an arginine-metabolizing hydrolase that catalyzes the hydrolysis of the amino acid L-arginine to form citrulline and ammonia. Continue reading

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Leaf Mines: Life in (almost) Two Dimensions

The pigmy moths of the family Nepticulidae are the smallest Lepidoptera. Continue reading

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COMPUTER SIMULATIONS STUDIES OF PROTEINS IN ORGANIC SOLVENTS AND COSOLVENTS: A SIMPLE DATABASE

SIMPROS_LOGO

SIMPROS is a simple hypertextual database that provides a list of proteins that have been studied using molecular dynamics simulations in non-aqueous solvents. Continue reading

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La programmazione in Awk II: Life in a Shell

 

Il gioco Life fu inventato negli anni ’70 dal prolifico matematico John H. Conway (vedi [5] per la sua biografia) ed è diventato famoso dopo la pubblicazione di Martin Gardner nella sua rubrica di matematica amatoriale sulla rivista Scientific American [1,2]. Il gioco è basato sugli automi cellulari concepiti da Konrad Zuse e Stanislaw M. Ulam all’inizio degli anni ’50, e poi adottati da John von Neumann per il suo studio sugli automi auto-replicanti [2,3]. Un automa cellulare è composto da unità (celle) interagenti disposte in una griglia quadrataIl sistema si evolve in cicli di vita in cui ogni cella cambia stato e nuove celle possono nascere e altre possono sopravvivere o, eventualmente, morire. Lo stato di ogni cella nel ciclo successivo è definito dall’interazione con le celle adiacenti in base a delle regole. L’interazione avviene con i primi vicini di ciascuna cella. Come mostrato nella Figura 1, è possibile utilizzare due tipi di intorni (cerchi) della cella centrale. Il gioco Life usa il tipo di proposto da Moore. 
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Il calcolo delle cariche parziali atomiche

Le cariche parziali da usare nel campo di forze si ottengono generalmente da calcoli quantomeccanici. Nel caso di molecole rigide, il calcolo delle cariche è abbastanza semplice. Nel caso di molecole flessibili, occorre valutare quanto le diverse conformazioni influenzano la distribuzione di carica e, quindi, stimare la carica parziale come media pesata tra i vari conformeri. Continue reading

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La Dinamica Molecolare: il Campo di Forze

Then from these forces, by other propositions which are also mathematical, I deduce the motions of the planets, the comets, the moon, and the sea. I wish we could derive the rest of the phenomena of Nature by the same kind of reasoning from mechanical principles, for I am induced by many reasons to suspect that they may all depend upon certain forces by which the particles of bodies, by some causes hitherto unknown, are either mutually impelled towards one another, and cohere in regular figures, or are repelled and recede from one another.

Isaac Newton. Philosophiae Naturalis Principia Mathematica. London, 1686.


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La simulazione di Dinamica Molecolare

  • Lex. I. Corpus omne perseverare in statu suo quiescendi vel movendi uniformiter in directum, nili quatenus a viribus impressis cogitur statum illum mutare.
  • Lex. II. Muationem motus proportionalem esse vi motrici impressae, et fieri fecundum lineam rectam qua vis illa imprimitur.
  • Lex. III. Actioni contrariam semper et equalem esse reactionem: sive corporum duorum actiones in se mutuo semper esse aequales et in partes contrarias dirigi.

Isaac Newton. Philosophiae Naturalis Principia Mathematica. London, 1686.

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